PvPvE signifie "Personnage contre Personnage contre Environnement" et reflète parfaitement l'histoire conflictuelle des factions d'Aion. Elyséens et Asmodiens se haïssent depuis des siècles. Ils ont aujourd'hui repris les sentiers de la guerre et la survie de chacune des nations dépend de l'issue de ce conflit. Les deux factions s'affrontent désormais sur les énormes fragments de la Tour de l'Eternité flottant dans les Abysses qui séparent les deux moitiés du monde. Les joueurs s'aventurent dans ces zones à travers des portails qu'ils découvrent à mesure qu'ils gagnent de l'expérience.
Les factions s'affrontent continuellement pour le contrôle de forteresses et d'artefacts dans la zone contestée des Abysses. Chaque victoire apporte son lot de bonus et ressources spéciales, ainsi que des marchandises exclusives vendues par des marchands dans ces zones. Par ailleurs, lorsqu'ils affrontent et battent d'autres joueurs, les personnages accumulent des points et des grades spéciaux, qui leur permettent ensuite d'obtenir un meilleur équipement.
Mais les Elyséens et les Asmodiens ne font pas que se battre entre eux dans les Abysses. Une troisième faction, l'antique ennemi connu sous le nom de Balaurs, participe également aux hostilités. Selon la situation, les joueurs pourront à la fois affronter les Balaurs et d'autres joueurs, à moins que les Balaurs ne choisissent de s'allier temporairement avec une faction pour vaincre l'autre. D'autres exilés des Abysses pourront également venir se mêler au chaos ambiant. Cette tourmente constante de combats, d'ennemis variés et d'alliances aussi fragiles que fluctuantes est au cœur du système de PvPvE d'Aion.